Morgane THOMAS-CHOLLIER

Statut

Maître de conférences

Promotion

Junior 2017

Établissement

École normale supérieure (ENS)

Secteur disciplinaire

Biologie • Médecine • Santé

Spécialité

Bioinformatique

Thématique

1 - Épigénomique
2 - Recherche d'éléments cis-régulateurs dans les génomes
3 - Développement d'outils bioinformatiques pour l’analyse de données de génomique fonctionnelle

Présentation

Mon projet vise à décrypter la logique des enhanceurs par des approches bioinformatiques, en tenant compte de quatre niveaux d’information. Au niveau du site de fixation du facteur de transcription, nous voulons clarifier la relation séquence-activité, en particulier pour les sites à faible affinité aux rôles biologiques clés, mais qui sont difficiles à prédire de manière computationnelle. La combinaison de plusieurs sites en enhanceurs et la structure tridimensionnelle de l’ADN seront aussi prises en compte. Enfin, l’émergence d’expériences en cellule unique permettra de tenir compte de la variabilité intercellulaire. Ce projet s’appuie sur des données de génomique fonctionnelle à haut-débit (STARR-seq, 4C, ChiP-seq/exo, ATAC-seq) pour développer des logiciels accessibles à la communauté.