Lucie BITTNER

Statut

Maîtresse de conférences

Promotion

Junior 2020

Établissement

Sorbonne Université

Secteur disciplinaire

Biologie • Médecine • Santé

Spécialité

Microbiologie, Écologie, Évolution, Bioinformatique

Thématique

► Analyse des données (méta)omiques non annotées
► Exploration des bases génomiques des traits des organismes
► Lier les données (méta)omiques et la modélisation des écosystèmes

Présentation

Les eucaryotes unicellulaires présentent des modes trophiques et des interactions très diverses mais nos connaissances restent limitées par les expérimentations et par la faible proportion de lignées actuellement cultivables. Durant ma délégation, j’étudierai les capacités trophiques des eucaryotes unicellulaires à partir de transcriptomes, de réseaux de similarité et d’apprentissage automatique, pour mettre en évidence des séquences spécifiques à chaque mode trophique, et
pour prédire les capacités trophiques de lignées peu étudiées. Ces séquences spécifiques seront ensuite cherchées dans des jeux méta-omiques afin de définir leurs niches écologiques. Ces résultats généreront de nouvelles hypothèses à tester in vitro et contribueront in fine à améliorer la modélisation des écosystèmes.